تقوم الجمعية لتحقيق هذه الأهداف بنشاطاتها المتنوعة الكثيرة مع تخصصاتها المختلفة عن طريق عدة شعب وأقسام، وكل قسم يتولى شؤونه التي يتخصص فيها وبذلك تسير هذه الأعمال كلها في سهولة ومتابعة ونظام.

1. قسم تنظيم أئمة المساجد وتوحيد المساجد
2. قسم المدارس والجامعات الإسلامية
3. قسم المدارس والكليات والجامعات العصرية
4. قسم الدعوة والإرشاد
5. قسم المنشورات الإسلامية
6. قسم الإدارة والتنظيم والتخطيط والإتصالات العامة.
7. وكل واحد من هذه الأقسام يقوم بمهمته التي أسندت إليه.